分析內容
1.數據產出統計與質控
2.蛋白質鑑定分析
3.蛋白質定量分析
4.蛋白質GO分析
5.蛋白質Pathway通路分析
6.蛋白質COG分析
7.差異蛋白的GO富集分析
8.差異蛋白的Pathway通路富集分析
9.差異蛋白的COG富集分析
樣本類型
細胞，組織，尿液，全血，血清，血漿，總蛋白等
建議總蛋白起始量（單次）：≥ 500 μg，濃度≥1μg/μL
代表性文章
1.Wang L，et al. Proteome profiling reveals immune responses in Japanese flounder (Paralichthys olivaceus) infected with Edwardsiella tarda by iTRAQ analysis. Fish Shellfish Immunol. 2017 Jul;66:325-333. doi: 10.1016/j.fsi.2017.05.022
2.Zhang G, Zhang J, Wen X, et al. Comparative iTRAQ-based quantitative proteomic analysis of Pelteobagrus vachelli liver against acute hypoxia: Implications in metabolic responses.[J]. Proteomics, 2017.
3.Li R, Yu H, Yue Y, et al. Combined proteomics and transcriptomics identifies sting-related toxins of jellyfish Cyanea nozakii.[J]. Journal of Proteomics, 2016, 148:57.
4.Lv LX, et al.(2016) Integrated transcriptomic and proteomic analysis of the bile stress response in probiotic Lactobacillus salivarius LI01. Journal of Proteomics. doi.org/10.1016/j.jprot.2016.08.021
5.Lv LX, et al.(2016) Integrated transcriptomic and proteomic analysis of the bile stress response in probiotic Lactobacillus salivarius LI01. Journal of Proteomics. doi.org/10.1016/j.jprot.2016.08.021
6.Wang C, Liu C, Wei L, Shi L, Pan Z, Mao L, Wan X, Ping Z, Jiang T, Chen Z. (2016) A Group of Novel Serum Diagnostic Biomarkers for Multidrug-Resistant Tuberculosis by iTRAQ-2D LC-MS/MS and Solexa Sequencing. International Journal of Biological Sciences 12(2), 246-256.
7.Cui Y, et al. (2016) Transcriptomic/proteomic identification of allergens in the mite Tyrophagus putrescentiae. Allergy.DOI:10.1111/all.12999
8.Cao JY, et al. (2016) TMT-based quantitative proteomics analyses reveal novel defense mechanisms of Brassica napus against the devastating necrotrophic pathogen Sclerotinia sclerotiorum. J Proteomics. doi: 10.1016/j.jprot
結果展示
KEGG注釋
根據KEGG注釋總表，可以對注釋到KEGG的差異蛋白總體情況進行Unigene數目的統計。
KOG/COG注釋
COG（Clusters of Orthologous Groups of proteins），即同源蛋白簇。一般原核 生物用COG，真核生物用KOG。COG注釋作用：1. 通過已知蛋白對未知序列進行功能注釋；2. 通過查看指定的COG編號對應的protein數目，存在及缺失，從而能推導特定的代謝途徑是否存在； 3. 每個COG編號是一類蛋白，將query序列和比對上的COG編號的proteins 進行多序列比對，能確定保守位點，分析其進化關係。
GO富集分析
GO分為三個功能：生物進程（biological process） 細胞組成（cellular component）分子功能（molecular function）。一般進行分析時，會 取前50個差異較為明顯的蛋白繪製GO注釋圖。分別對應這三個功能的差 異蛋白數量為25個，15個以及10個。
蛋白質network網絡構建
蛋白與蛋白的互作關係一般用String軟件繪製，String可以用來查找蛋白間的作用關係及作用強度，同時也可以查看單個蛋白與其他相關聯的上下游關係，可以為老師研究蛋白互作關係提供思路 。
案例展示
轉錄組及蛋白質組學技術分析益生菌唾液乳桿菌LI01的膽汁應激反應
研究背景
最近發現幾種唾液乳桿菌菌株，表現出良好的益生菌性質，如抗菌活性，炎症調節，甚至是腫瘤性病變減少等。從健康人體內分離的唾液乳桿菌LI01已經在預防和治療肝衰竭中表現出了益生菌性質。對膽汁的耐受對於乳桿菌在胃腸道中的存活和發揮其益處至關重要。
研究結果
通過轉錄組測序和iTRAQ蛋白質組定量分析後發現，與空白對照相比，添加ox膽汁溶液培養的LI01菌株中檢測到591個差異表達的基因和347個差異表達的蛋白質。利用GO和KEGG分析，發現差異表達的基因主要參與脅迫應答，糖酵解和轉運以及諸如碳水化合物代謝和氨基酸生物合成等途徑；差異表達的蛋白質主要參與DNA修飾、基因 表達和細胞組分降解和代謝過程的調節。
圖 差異表達基因及差異表達蛋白質的KEGG富集分析
研究還發現，LI01的膽汁耐受能力是基於高度重塑的細胞包膜以及增強的膽汁外排系統，而不是基於膽鹽水解酶的活性。一些差異表達的基因是與調節系統即應激反應和中樞代謝過程相關的基因，也在膽汁誘導的損傷預防和能量效率中起作用。此外，膽汁鹽似乎增強了LI01的蛋白水解和氨基酸攝取（特別是芳香族氨基酸）能力，這個結果表明該菌株具有肝保護的性質。
總而言之，本研究的開展建立了唾液乳桿菌LI01中膽汁應激的全局反應機制的模型。
參考文獻
Lv LX, et al.(2016) Integrated transcriptomic and proteomic analysis of the bile stress response in probiotic Lactobacillus salivarius LI01.Journal of Proteomics. doi.org/10.1016/j.jprot.2016.08.021
