簡介
共價閉合、單鏈環狀的RNA（circRNA）是一類比較特殊的RNA，其沒有游離的5′帽子結構和3′ poly（A）結構，並且對核酸酶不敏感，因此比普通的線性RNA（linear RNA）更穩定。隨着高通量測序以及生物信息分析技術的快速發展，在不同物種中鑑定出成千上萬個circRNA，其中大多數circRNA 在不同物種間具有保守性和穩定性，並且circRNA 的表達具有細胞特異性、組織特異性以及發育階段特異性。circRNA除了常規的對miRNA競爭結合的ceRNA調控機制外，還有翻譯多肽等新功能，在醫學及動植物基礎研究及後期轉化上有着巨大的潛力。
樣本起始量與送樣建議
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樣本類型 |
起始量 |
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動物及臨床臟器組織/腦組織等 |
>20mg |
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動物及臨床皮膚/骨/血管/脂肪組織等 |
>100mg |
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植物葉片組織/花 |
>200mg |
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植物根/莖/果實/種子 |
>500mg |
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原代細胞/細胞系 |
>5×106個 |
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中性粒細胞/嗜酸性粒細胞/嗜鹼性粒細胞 |
>5×107個 |
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外泌體樣本 |
>1×108個 |
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血清/血漿/腦脊液/關節積液/卵泡液 |
>2mL |
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細胞培養上清液 |
>20mL |
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尿液 |
>30mL |
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總RNA |
>1μg且RIN>7.0 |
注意事項：
① 組織樣本建議保存在RNAlater、RNAHold、RNAProtect等相關組織保存液中，然後-80℃保存或乾冰寄送；
② 細胞樣本使用TRIzol等裂解液充分裂解之後，-80℃保存或乾冰寄送；
③ 更加詳細的樣本準備指南，請聯繫在線客服
生物信息學分析流程與分析內容
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circRNA |
分析內容 |
備註 |
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測序數據質控 |
原始數據質控統計表 |
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參考基因組比對分析 |
參考基因組基因統計表 |
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參考基因組比對reads統計表 |
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樣本circRNA鑑定數目統計表 |
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參考基因組比對區域分佈統計圖表 |
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參考基因組非線性比對區域分佈統計圖表 |
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circRNA鑑定定量分析 |
circRNA擬合序列 |
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circRNA表達譜 |
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circRNA的BSJ統計表 |
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circRNA統計分析 |
circRNA類型統計餅圖 |
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circRNA表達量分佈統計箱線圖 |
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circRNA表達量密度分佈圖 |
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circRNA染色體數量分佈統計圖表 |
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circRNA外顯子數目統計圖表 |
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親本基因circRNA數目統計圖表 |
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circRNA差異分析 |
差異circRNA數目統計圖 |
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CaseVSControl比較組circRNA差異表達分析 |
CaseVSControl比較組circRNA火山圖 |
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CaseVSControl比較組circRNA熱圖 |
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CaseVSControl比較組circRNA散點圖 |
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應用場景與案例
應用場景1：結構分子招募核心蛋白與核酸
適用範圍：基礎醫學、生物化學與分子生物學等任意研究方向
lncRNA和circRNA有時候會作為一種特殊的RNA分子，形成蛋白-蛋白複合物或蛋白-核酸的骨架分子，對下游分子行使一系列調控作用。如部分circRNA會招募一些泛素化酶對下游的蛋白行使降解功能，或者部分lncRNA會招募一些轉錄因子與目的基因的啟動子區域結合激活下游的基因表達等。
應用場景2：外泌體
適用範圍：臨床與轉化醫學、基礎醫學等任意研究方向
lncRNA在外泌體中由於以碎片形式存在，這種隨機片段不僅不利於檢測，而且較低的濃度和較差的重複性，使得lncRNA並不是外泌體研究的熱門分子之一。但是circRNA由於其穩定性，除了從體液樣本外泌體中分離circRNA可作為疾病標誌物外，還能用於後期的外泌體治療等領域，是後ceRNA時代中較為熱門的circRNA細分研究領域方向之一。其中一個方向是疾病標誌物，一般以大樣本隊列研究居多。一種是後期轉化及機制研究方向，包括外泌體受體細胞分子機制研究以及疾病治療等方向。
應用場景3：翻譯多肽
適用範圍：臨床與轉化醫學、基礎醫學、生物化學與分子生物學等任意研究方向
circRNA上有一段未翻譯的RNA序列，稱為IRES，它可以摺疊成類似於起始tRNA的結構，並招募更多的核糖體。正常情況下，IRES不與eIF結合，而是與一類稱為ITAF的蛋白質結合。ITAF的作用是將核糖體募集到circRNA的內部結構，以啟動蛋白質翻譯。此外，還可能存在IRES增強子，類似於circ-ZNF609的UTR元件。也有研究通過翻譯組測序與轉錄組測序，發現了非編碼RNA LINC-PINT形成環狀RNA後可被翻譯形成功能多肽。
應用場景4：ceRNA調控機制
ceRNA全稱competing endogenous RNA，是一種能夠競爭結合RNA的作用元件。通常lncRNA和circRNA會競爭結合miRNA，我們一般把lncRNA和circRNA可以稱作ceRNA。ceRNA調控網絡全稱ceRNAregulation network，指的是有ceRNA參與的整個調控網絡cascade。而ceRNA分析指的是對整個ceRNA調控網絡進行分析。一般有circRNA-miRNA-mRNA分析或lncRNA-miRNA-mRNA分析。
項目流程
尊龙凯时真核有參轉錄組測序可以為研究人員提供從樣本提取、建庫測序、數據分析等一系列完整的服務流程，提供高質量的數據結果，並為後續研究提供強有力的參考依據。
